Malatyaspor, Malatya Belediyespor ismiyle 2009-2010 sezonunda TFF 3. Lig Klasman Grubu'nda Play-off müsabakaları sonucunda 2. Lig'e yükseldi. Sarı siyahlı takım, o dönemde amatör ligde mücadele eden Malatyaspor'un sorunlarla boğuşması ve borç batağında olması nedeniyle Malatya futbolunun yeni umudu oldu. Kulübün adı 2010'da gerçekleştirilen olağanüstü genel kurulda Yeni Malatyaspor olarak değiştirildi.
Malatya futbolunun umudu olarak kurulan Yeni Malatyaspor; 2010-2011, 2011-2012, 2012-2013, 2013-2014, 2014-2015 sezonlarında TFF 2. Lig'de yer aldı. 2010-2011 sezonunda Türkiye Kupası'nda gruplara kalan sarı-siyahlı takım, Malatya İnönü Stadı'nda ağırladığı Fenerbahçe'yi 2-1 yenerek, dikkatleri üzerine çekti.
2014-2015 sezonunda TFF 2. Lig Beyaz Grup'ta 66 puan toplayarak zirveye yerleşen Yeni Malatyaspor, TFF 1. Lig'de ise ikinci sezonunda Süper Lig'e yükseldi.
Süper Lig’deki performansıyla dikkat çeken sarı-siyahlı ekip, bu süreçte Avrupa deneyimi de edindi.
11 yıl sonra Malatya’ya bir kez daha Süper Lig coşkusunu yaşayan Yeni Malatyaspor, 2021-2022 sezonunda 20 puanla ligi son sırada tamamlayarak 1. Lig'e düştü.
2022-2023 sezonunda zorlu bir dönem geçiren Yeni Malatyaspor, 1. Lig'de mücadele ederken, Kahramanmaraş merkezli 6 Şubat 2023'teki depremler nedeniyle ligden çekildi.
Bu sezonda 'hakları saklı kalmak kaydıyla' 1. Lig'den çekilen sarı-siyahlı ekip, 2024-2025 sezonunda yeniden sahalara dönecek.
